Ondanks de vele positieve punten kent de Philips Sonicare Series 3100 ook enkele nadelen. Het meest opvallende minpunt is het ontbreken van een USB-oplaadkabel in de verpakking. Philips levert alleen het handvat en het opladerstation mee, maar geen USB-kabel waarmee je het opladerstation aan een USB-poort kunt koppelen. Dit kan voor gebruikers die bijvoorbeeld onderweg of op kantoor willen opladen erg onhandig zijn, omdat je er zelf een kabel bij moet kopen. Dit had Philips beter kunnen voorzien.
Daarnaast heeft deze tandenborstel slechts één poetsmodus, wat voor sommige gebruikers wellicht beperkend kan voelen. Wie op zoek is naar uitgebreide reinigingsopties, zoals een gevoelige modus, whitening of een tandvleesverzorgingsfunctie, zal teleurgesteld zijn. Deze eenvoudige functionaliteit maakt het product prima voor basisgebruik, maar minder aantrekkelijk voor wie meer gepersonaliseerde zorg wil.
Verder is de batterijduur redelijk, maar niet uitmuntend. Afhankelijk van het gebruik moet je ongeveer elke twee weken opnieuw opladen, wat gemiddeld is maar geen koploper binnen het segment. Ook ontbreekt een reisetui of beschermkap, wat het meenemen op reis iets minder praktisch maakt. Voor een prijsbewuste gebruiker is dit acceptabel, maar het had het totaalpakket iets completer gemaakt als deze accessoires standaard waren meegeleverd.