Hoewel de Philips Sonicare 5500 veel goede eigenschappen heeft, zijn er ook enkele duidelijke beperkingen die het overwegen waard zijn. Ten eerste: het aantal poetsstanden is beperkt tot twee (Clean en White). Dat is prima voor de meeste gebruikers, maar als je gewend bent aan modellen met meerdere intensiteitsniveaus, een gevoelige stand of een gum-care-modus, mis je die fijne afstemming hier. Gebruikers met extreem gevoelige tanden of tandvlees kunnen baat hebben bij meer gradaties in kracht.
Een ander minpunt is het ontbreken van slimme connectiviteit of een bijbehorende app. Veel concurrerende tandenborstels bieden realtime feedback, poetscoaching of geschiedenis van poetsbeurten via een smartphone — functies die helpen bij structurele verbetering van poetsgewoontes. De 5500 richt zich op eenvoud en vertrouwt op ingebouwde sensoren in plaats van uitgebreide digitale begeleiding.
Daarnaast kunnen lange termijnkosten een aandachtspunt zijn: originele Philips Sonicare-opzetborstels, en vooral specifieke types zoals de Optimal White, zijn duurder dan generieke kopieën. Voor intensieve gebruikers of huishoudens met meerdere gebruikers kan dat na verloop van tijd oplopen. Ten slotte is het model functioneel maar geen topmodel wat betreft extra's zoals meerdere handvat-opties, snelladen of geavanceerde drukregeling; wie maximale functionaliteit zoekt, moet wellicht een hoger segment overwegen.